Het Coenecoop heeft drie locaties: één Boskoop en twee in Waddinxveen, die naast elkaar gelegen zijn. Op de hoofdvestiging, aan de Oude Dreef 2 in Waddinxveen, zijn klassen van alle afdelingen en leerjaren gehuisvest.

Waddinxveen
In Waddinxveen staat een prachtig nieuw gebouw waarin alle afdelingen hun eigen plek hebben. Hierdoor voelt die grote school, waarin ruim 1200 verschillende leerlingen dagelijks naar school gaan, een stuk kleiner. Door de groei van onze school hebben we sinds september 2025 ook tijdelijke huisvesting in ons gerenoveerde schoolgebouw aan de Oude Dreef 6. Dit gebouw ligt naast onze hoofdvestiging. In de tijdelijke huisvesting werken wij ook volgens ons onderwijsconcept. Er is, naast de reguliere lokalen, ook een leerplein zoals we dat op onze andere locaties gewend zijn. Verder zijn er alle faciliteiten die nodig zijn voor een fijne leer- en leefomgeving.

Boskoop
Op de kleinschalige onderbouwlocatie in Boskoop, met zo’n 200 leerlingen, wordt onderwijs op maat gegeven aan klas 1, 2 en 3 van vwo en havo, waarbij je ook kunt kiezen voor tweetalig onderwijs (tto). Dit gebeurt in combinatieklassen, waarin leerlingen van beide niveaus samen les krijgen en worden getoetst op hun eigen niveau. Na de onderbouw stromen de leerlingen van locatie Boskoop door naar de bovenbouw op locatie Waddinxveen.